卫生部临检中心：44项基因检测的临床意义

序号

类别

项目名称

临床意义

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丙型肝炎病毒核酸HCV RNA

1.HCV是输血后肝炎和散发性非甲非乙型肝炎的主要病原，HCV感染可导致慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌等多种肝脏疾病。

2.HCV-RNA检测用于丙肝病毒感染的早期诊断，鉴别丙肝病毒的活动性和复制程度。 
3.HCV-RNA定量可及时估计应答情况、及时调整疗程以及指导用药，为疗效观察及预后判断提供客观指标。
4.弥补ELISA方法的高漏检率，HCV-RNA可作为HCV感染诊断的指标。
5.抗-HCV阳性而血清中没有HCV-RNA提示既往感染，在血清中检测不到HCV-RNA并不意味着肝脏没有病毒复制。
6.免疫功能低下，抗-HCV阴性仍可检测到HCV-RNA，此类患者适宜采用HCV核心抗原或抗原-抗体联合检测试剂进行检测。

4

沙眼衣原体CT DNA

1.结果呈现阳性时表示存在CT相关病原体核酸,在排除以下几种因素后可确诊为CT感染:①在CT的诸多检测手段中,PCR方法所检测靶物质为核酸,不受标本生物活性的限制,对于已经死亡的病原体仍可检测出来,即感染后药物治疗有效的情况下,患处仍会有少量已死亡的病原体存在。应在停药2周后进行检测,若在用药期间进行病情的监测,则应与临床症状相结合,必要时应用培养方法进行确诊。②PCR反应检测的靶物质为核酸,如果操作不慎造成样本之间的污染,则可能出现假阳性的情况,需要样本的运送和操作都要严格按照规程进行。
2.当检测结果呈现阴性时,表示无CT感染,但仍需要排除以下几种因素:①排除PCR抑制物导致的假阴性现象,在结果的认定上需要注意。②耐药引起的基因突变也会导致扩增的失败,出现假阴性结果。在临床体征和症状很明显而多次PCR检测均阴性的情况下,要考虑这种情况的发生。

6

人乳头瘤病毒基因分型

人乳头瘤病毒 
-HPV-6、-11、-16、-18、-31、-33、-35、-39、-42、-
-44、-45、-51、-52、-53、-56、-58、-59、-66、-68和-81型

HPV广泛存在,人类的HPV感染率很高。在临床上,根据HPV亚型致病力大小或致癌危险性大小不同可将HPV分为低危型和高危型两大类。低危型HPV主要引起肛门皮肤及男性外生殖器、女性大小阴唇、尿道口、阴道下段的外生性疣类病变和低度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV6、11、30、39、42、43型及44型。高危型HPV除可引起外生殖器疣外,更重要的是引起外生殖器癌、宫颈癌及高度子宫颈上皮内瘤,其病毒亚型主要有HPV16、18、31、33、35、45、51、52、56、58型和61型。80%的子宫颈癌是由16、18、31、45这4型HPV引起。尽管有近百种HPV亚型,但临床上最重要的有HPV6、11、16、18、31、33、35、38型8个亚型,是引起肛门外生殖器尖锐湿疣和宫颈病变的主要HPV亚型。

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EB病毒核酸检测

1.EB病毒是传染性单核细胞增多症的主要致病原,鼻咽癌、伯基特淋巴瘤、免疫低下或缺陷者B淋巴细胞恶性肿瘤、霍奇金病和移植后恶性淋巴瘤等均有阳性 。
2.EB病毒DNA检测是EB病毒感染的辅助诊断，和其他肿瘤标志物联合检测，可有效提高鼻咽癌检出率，做到鼻咽癌的早发现，早诊断，早治疗。

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KRAS突变

西妥昔单抗和帕尼单抗均通过直接抑制EGFR从而发挥抗肿瘤的作用，在结直肠癌和头颈部癌的靶向治疗中都有肯定的效果。西妥昔单抗治疗的有效性受其下游基因KRAS状态的影响，突变型的KRAS无需接受上游EGFR信号即能够自动活化该通路并启动下游信号的转导。只有KRAS基因野生型的患者才能从抗EGFR的治疗中获益，而突变型的患者则不能。

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PIK3CA

突变

1.PIK3CA突变的肿瘤细胞对EGFR或ERBB2通路的靶向药物拉帕替尼（Lapatinib)会产生耐药性。
2.研究表明HER2靶向治疗药物赫赛汀对PIK3CA基因突变的人群疗效欠佳。
3.单抗类EGFR抑制剂（西妥昔单抗、帕尼单抗）和拉帕替尼药效预测。

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PDGFRA基因

1.辅助诊断和预测疗效：伊马替尼是一种酪氨酸蛋白酶抑制剂，能阻断酪氨酸蛋白激酶KIT受体功能，从而抑制肿瘤的形成。已有研究证实，PDGFRA基因突变的位置能影响肿瘤患者对伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂的反应。研究表明，PDGFRA基因外显子12和外显子18大部分基因位点突变后使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者可从中获益。但如外显子18基因位点发生D842V、RD841-842KI或D1842-843IM突变使用伊马替尼、舒尼替尼等酪氨酸激酶抑制剂治疗时GIST患者不能从中获益。
2.预后评价：当PDGFRA基因发生突变后，肿瘤侵袭性较发生于KIT基因突变的患者侵袭性低。

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HER2基因

HER2基因扩增状态是乳腺癌患者预后判断及制订有效治疗方案的先决条件，对乳腺癌的诊疗具有重要的指导作用。
（1）预后评价：研究显示，HER2基因的过表达除了与肿瘤的发生发展相关外，还是一个重要的临床预后指标，主要表现为HER2基因扩增的乳腺癌浸润性强、无进展生存期(progress free survival、PFS)短、预后差。而且这部分患者就诊时的肿瘤负荷更大，淋巴结转移的几率更高，激素受体阴性的比例更高、组织学分级更差、肿瘤的增殖指数更高、复发风险更高。但没有证据显示HER2基因扩增与导管原位癌( ductal carcinoma in situ，DCIS)的预后相关。
（2）内分泌药物疗效预测：研究显示，相对于无HER2基因扩增的乳腺癌患者而言，HER2基因扩增的患者应用他莫昔芬治疗后的死亡风险明显增高，因此这类乳腺癌患者可能不适合选择他莫昔芬作为内分泌治疗，而且HER2基因扩增的乳腺癌患者对CMF化疗方案的反应性降低，宜采用高剂量的蒽环类药物方案。
（3）靶向药物疗效预测：大量临床研究数据提示，使用曲妥珠单克隆抗体等治疗乳腺癌时，无论是与常规化疗联合用于乳腺癌患者的辅助治疗，还是用于辅助治疗后的维持治疗，及用于晚期乳癌患者的单药或联合治疗，都能肯定改善HER2基因扩增或蛋白过表达患者的生存，使乳腺癌患者获益。
即使在使用曲妥珠单抗治疗过程中出现疾病进展而需要进一步治疗的乳腺癌患者，继续使用曲妥珠单抗治疗仍然有效。而对于HER2基因低度扩增或不扩增的乳腺癌患者，使用曲妥珠单抗疗效不佳。

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NIFIY/NIPT

外周血胎儿染色体非整倍体（T21、T18和T13）高通量测序检测

1.无创DNA产前检测技术仅需采取孕妇静脉血，利用新一代DNA测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段（包含胎儿游离DNA）进行基因测序，并将测序结果进行生物信息分析，可以从中得到胎儿的遗传信息，从而发现胎儿21号、18号、13号染色体是否存在非整倍体异常。
2.适用人群：
①血清学筛查显示胎儿常见染色体非整倍体风险值介于高风险切割值与1/1000之间的孕妇；
②有介入性产前诊断禁忌证者（如先兆流产、发热、出血倾向、慢性病原体感染活动期、孕妇Rh阴性血型等）；
③孕20+6周以上，错过血清学筛查最佳时间，但要求评估21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征风险者。
3.慎用人群：
有下列情形的孕妇进行检测时，检测准确性有一定程度下降，检出效果尚不明确；或按有关规定应建议其进行产前诊断的情形。包括：
①早、中孕期产前筛查高风险；
②预产期年龄≥35岁；
③重度肥胖（体重指数>40或体重>100千克）；
④通过体外受精——胚胎移植方式受孕；
⑤有染色体异常胎儿分娩史，但除外夫妇染色体异常的情形；
⑥双胎及多胎妊娠；
⑦医师认为可能影响结果准确性的其他情形。
4.不适用人群：
有下列情形的孕妇进行检测时，可能严重影响结果准确性。包括：
①孕周<12+0周；
②夫妇一方有明确染色体异常；
③1年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等；
④胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断；
⑤有基因遗传病家族史，或提示胎儿罹患基因病高风险；
⑥孕期合并恶性肿瘤；
⑦医师认为有明显影响结果准确性的其他情形。

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HIV耐药基因检测

1.新诊断的患者：不管患者是否会很快进行抗病毒治疗都主张在确诊后先进性耐药检测。已经证实耐药HIV毒株能够传播给从接收过治疗的患者，使这些患者从一开始就获得原发性耐药，被称为传播耐药。传播耐药和患者的治疗失败有关，对这类患者进行耐药检测有助于选择能够取得最大病毒抑制效果的治疗方案。
2.接受抗病毒治疗患者：对于接受抗病毒治疗的患者在改变抗病毒治疗方案时，病毒学应答失败(HIV RNA>1000 copies／mL)或病毒抑制不理想时,都应进行耐药检测，以判断是否发生耐药以及对哪种药物耐药，从而指导选择有活性的抗HIV药物进行后续治疗。对于HIV RNA为500-1000copies／mL的患者，耐药检测的难度比较大，但仍应尽量进行；对＜500copies／mL的患者则不建议进行耐药检测。
3.孕妇：所有孕妇在开始抗病毒治疗前都应进行基因型耐药检测，抗病毒治疗的目的是最大程度降低血浆病毒载量并预防HIV母婴传播，首要目的是取得最大程度的病毒抑制。所以孕妇开始抗病毒治疗前应进行基因型耐药检测，对已接受治疗而HIV RNA仍能检出的孕妇也应进行耐药检测。
4.耐药只是治疗失败的可能原因之一，并且与其他导致治疗失败的因素，包括药物的抗病毒活性不足、服药依从性差及个体药物代谢动力学差异等密切相关。因此不能孤立地看待耐药检测结果，而应将其放在病毒载量和CD4+T淋巴细胞计数的变化、临床表现及其他检验项目改变的背景下分析。耐药检测结果的解释必须结合既往治疗史、血浆病毒载量的长期变化及依从性的程度。

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维生素 K 环氧化物还原酶复合体1（VKORC1） –1639G>A基因分型：GG、GA、AA

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伊立替康药物代谢基因（UGT1A1）多态性

尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶1A1（UGT1A1）基因分型*1/*1、*1/*28、*28/*28

1.预测疗效。
2.UGT1A1基因型的检测可用于临床预测与伊立替康（CPT-11）相关的严重毒副作用的发生。

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BCR-ABL1融合基因检测

BCR-ABL1p210

1.慢性粒细胞白血病（Chronic Myelogenous Leukemia,CML）是一种发生于造血干细胞的血液系统恶性克隆增生性疾病。90%以上的CML患者的血细胞中出现Ph1染色体，t(9；22)(q34；q11），9号染色体长臂上C-abl原癌基因易位至22号染色体长臂的断裂点集中区（bcr），形成bcr/abl融合基因。此基因产生一种新的mRNA，编码的蛋白为P210，P210具有增强酪氨酸激酶的活性，改变了细胞多种蛋白质酪氨酸磷酸化水平和细胞微丝机动蛋白的功能，从而扰乱了细胞内正常的信号传导途径，使细胞失去了对周围环境的反应性，并抑制了凋亡的发生。BCR-ABL 融合基因检测对于前期 CML 疾病辅助诊断及后续靶向用药指导及残留病监测方面亦具有临床意义。
2.资料显示，p190刺激细胞增殖的能力比p210要强，病情发展快，恶性程度更高。

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实体肿瘤体细胞突变高通量测序检测

用于检测体细胞突变的 NGS 正在广泛用于肿瘤诊疗相关的分子检测，体外检测人体组织中肿瘤细胞中肿瘤相关基因变异，包括对特定基因的 DNA/RNA 进行测序，以寻找与肿瘤临床诊疗相关的突变基因的改变。 肿瘤基因突变类型包括点突变、 插入、 缺失、 基因重排、 拷贝数异常等广义的基因突变。实体肿瘤体细胞突变检测用于肿瘤的监测、预后。

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肿瘤游离 DNA EGFR 基因突变检测

对表皮生长因子受体 (EGFR)突变型的进展期肺癌来说 ，分子靶向药物疗效优于含铂类二联化疗方案，EGFR基因突变的检测能为肺癌患者靶向药物治疗提供依据，而大部分肺癌患者确诊时已处于肿瘤晚期，已失去手术切除机会 ，无法获得足够肿瘤标本进行EGFR 基因突变的检测。寻找替代肿瘤组织的EGFR基因突变检测标本，对于晚期患者来说具有重大的意义。通过外周血游离DNA检测EGFR突变指导靶向药 物治疗提供依据 。

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他克莫司药物代谢基因（CYP3A5）分型（细胞色素P450 3A5（CYP3A5）基因分型：*1/*1、*1/*3、*3/*3

1.预测疗效。
2.CYP3A5是他克莫司的代谢酶，CYP3A5基因多态性影响CYP3A5酶的表达继而影响他克莫司的代谢。对于含有CYP3A5*3等位基因的患者应用他克莫司应较常规降低用量，以减少不良反应；含CYP3A5*1等位基因的患者应适当增加服药次数，以减少剂量不足导致的排斥反应，检测CYP3A5多态性有助于提高他克莫司的疗效。

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遗传性耳聋基因测序

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人类白细胞抗原（HLA）-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1低分辨基因分型

人类细胞抗原基因系统根据编码分子的分布与功能不同，分为I、II、III3大类，HLA-A、B、C属于I类基因，HLA-A、B、DRB1基因是早期研究的与造血干细胞移植密切相关的3个功能基因随着非血缘造血干细胞移植的增加，HLA-C、DQB1基因在造血干细胞移植中的重要性日益受到重视。国外的造血干细胞移植均对供患者进行HLA-A、B、C、DRB1和DQB1高分辨基因配型。

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人类白细胞抗原（HLA）B*27 基因检测

96%以上强直性脊柱炎HLA-B27基因抗原阳性，且有遗传倾向。

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人类白细胞抗原（HLA）B*58:01 基因检测

人类白细胞抗原(HLA)基因与多种药物不良反应有密切的相关性。其中,针对HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因,在服用别嘌呤醇药物后出现的严重不良反应患者中,100%东南亚地区的患者中存在HLA-B*58:01等位基因；而在服用卡马西平药物后出现严重不良反应的患者中,至少75%的东南亚地区的患者中存在HLA-B*15:02等位基因；在未出现不良反应的患者中(耐受人群)和正常对照组中,其携带率大约为15%和20%：在使用这两种药物后,携带HLA-B*58:01和HLA-B*15:02的个体较未携带这两种等位基因的个体出现严重毒副作用的机率显著增加。在服用别嘌呤醇和卡马西平药物之前,国际权威的一些相关治疗指南大都推荐进行HLA-B*58:01和HLA-B*15:02等位基因的检测,以判断是否属于高危人群,以有效降低由该药物引起的严重不良反应。

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地中海贫血基因分型

α-地中海贫血基因分型

地中海贫血(THAC)主要分部在我国海南及两广沿海地区。重症α地中海贫血可导致死产、死胎,影响孕妇健康。重症β地中海贫血表现为严重溶血性贫血,肝脾肿大,患者未到成年已夭折。地中海贫血杂合子临床症状轻且可无症状,夫妇双方携带,将有1/4生育重症地中海贫血儿的可能。α-地贫基因分型用于α-地贫的诊断，β-地贫基因分型用于β-地贫的诊断。

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细胞色素P450 2C9 基因分型检测39种细胞色素P450 2C9（CYP2C9）等位基因（allele）

CYP2C9*1、*2、*3、*8、*11、*13、*14、*16、*19、*23、*27、*29、*31、*33、*34、*36、*37、*38、*39、*40、*41、*42、*43、*44、*45、*46、*47、*48、*49、*50、*51、*52、*53、*54、*55、*56、*58、*59、*60

P450 2C9 是人体中重要的药物代谢酶，P450 2C9 基因编码区的多态性造成氨基酸序列的变化 ,  P450 2C9 的底物包括甲苯磺丁脲、 苯妥英、 S2法华令 、 氟西汀、 洛沙坦等。P450 2C9 可被利福平诱导 , 被胺碘酮和氟康唑等多种药物抑制。